一般來說用凍干機生產的藥物相對來說都是比較名貴而且受溫度影響比較大的制品，因此制藥凍干機對凍干機的要求相對來說較高，而一個好的制藥凍干機的板層和托盤的好壞就能影響凍干效率和凍干風險。

制藥凍干機是在凍干箱內預凍，升華，解析，整個凍干過程都是在板層上完成的，因此板層是需要降溫，升溫和恒溫等控制的。板層要實現制冷，加熱，因此板層溫度的均一性決定了產品的溫度的分布。而板層溫度分布均勻，如果托盤不平整，凹凸不平，那在托盤中的制品溫度分布就不均勻。那就造成不同瓶內樣品的溫度的差異，也就造成了整個升華和解析的過程不一致，終的凍干制品的質量不一致。而且能源浪費，工藝延長，制品的含水量超標。因此凍干機的板層和托盤一定要平整。

托盤在凍干過程中隨著溫度的降低或者升高有可能發生變形，這個變形就會導致不平整，溫度分布不均勻，從而影響傳熱及樣品的升華解析的時間。因此托盤的厚度要考慮能耐受高低溫，不能發生變形，也可以選擇無底抽拉式托盤，這樣效率高，不會發生托盤的底部變形問題。

 板層和托盤能夠提供傳導熱及輻射熱，影響對流熱。如果板層凹凸不平，溫度分布就不均一，因此對于處在不同位置的樣品的溫度的傳導熱和輻射熱就不一樣，而凹凸不平的托盤與板層之間形成孔隙，也就影響了對流熱的傳遞及蒸汽的傳質。因此平整的板層和托盤是非常必要的，擱板表面的平整度、表面塞焊點位置、間斷焊所產生的熱脹冷縮及材料形變等問題都是制造廠家全面考慮的。

對于高風險的藥物的凍干盡量選擇抽屜式托盤框或散裝小瓶，或者采用無菌薄膜成形的托盤，雖然價格相對來說高一些，但是風險能降低，效率能提高。醫用凍干機和制藥凍干機對板層及托盤的平整度，拋光度等要求基本相同。醫用凍干機選擇參考制藥凍干機。